Δευτέρα 19 Σεπτεμβρίου 2016

Βιοχημική και Μοριακή Φαρμακολογία



Μεταπτυχιακοί Μάρτιος 2016

Καθηγήτρια: Κουρουνάκη

1)δίνει ένα ligand..και με βάση τη δομή του πρέπει να πεις ποια πιστεύεις ότι είναι τα αμινοξέα που το περιβάλουν(ίσως και η δομή τους) και να πεις τι είδος δεσμού γίνεται(πχ δεσμός υδρογόνου, van der waals κτλ)
2)δίνονται διάφοροι υποδοχείς και πρέπει να πεις σε ποια κατηγορία ανήκουν, πχ υποδοχέας ινσουλίνης> 1ΤΜ υποδοχέας συνδεδεμένος με κινάση, υποδοχέας βενζοδιαζεπινών> GABAα δίαυλος ιόντων..και είχε διάφορους..μερικοί αρκετά δύσκολοι..γύρω στους 10..
3)παραδειγμα υποδοχέων που ενεργοποιούνται από πρωτεάσες(πχ θρομβίνης) και πως γίνεται η ενεργοποίηση4)πείτε 3 μόρια που μπορούν να αλλάξουν τη διαμόρφωση του υποδοχέα (ολικός αγωνιστής, μερικός, αλλοστερικός)5)πείτε 2 ελεύθερες ρίζες και πως δημιουργούνται (πχ η αντίδραση δημιουργίας υπεροξειδικού ανιόντος), και μια ασθένεια που σχετίζεται με ελευθερες ρίζες και πως αυτό γίνεται.6)δεν μπορώ να θυμηθώ..




ΜΗΝ ΞΕΧΝΑΤΕ να γράφετε δικά σας σχόλια για τους υπόλοιπους συμφοιτητές σας..είναι ωραίο να βρίσκουμε έτοιμο κάτι που κάποτε ήταν πολύ δύσκολο να βρεθεί(ή δεν υπήρχε), αλλά χωρίς την δουλειά  ΟΛΩΝ μας, αυτό κάποτε σταματάει να λειτουργεί..
Μπορείτε να σχολιάσετε είτε με το "υποβολή σχολίου ως όνομα" και βάζετε το όνομα σας (χωρίς url, αν δεν ξέρετε τι είναι), είτε ως ανώνυμος, είτε ως μέλος του γκρουπ(πατήστε στο πράσινο αριστερά) και 
απλά γράφετε το σχόλιο σας..

6 σχόλια:

Ανώνυμος είπε...

Εξέταση στην Προχωρημένη Βιοχημική και Μοριακή Φαρμακολογία Φεβρουαρίου 2021

κα Κουρουνάκη

1) Τι επίπτωση έχει κατά την άποψή σας η επαγόμενη προσαρμογή (θεωρεία του Κoshland) στο πεδίο των GPCR;
2) Εξηγείστε υπό ποιες συνθήκες μπορεί να μετατεθεί η καμπύλη απόκρισης ενός αγωνιστή προς τη φορά του βέλους στην περίπτωση B και στην C (στην περίπτωση C σκεφτείτε 2
εναλλακτικές περιπτώσεις) (έδινε το διάγραμμα του μη αντιστρεπτού αγωνιστή και το διάγραμμα του αντιστρεπτού αγωνιστή αντίστοιχα)
3) Πως φαντάζεστε (σε μία κατάλληλη δοκιμασία in vitro) την επίδραση της φλουμαζελίνης στην δράση της μουσκιμόλης παρουσία ή απουσία βενζοδιαζεπίνης στον αντίστοιχο
υποδοχέα (ποιον); Η απάντησή σας να δοθεί με την μορφή ενός γραφήματος σχέσης συγκέντρωσης(μουσκιμόλης)-απόκρισης και επεξήγηση αυτού.
4) Πως μπορεί να εξηγηθεί (με 2 τρόπους) η «αποτελεσματικότητα» των μερικών-αγωνιστών (αναφερθείτε και από την άποψη της «συγγένειάς» τους με τον υποδοχέα τους).
5) Τέσσερα ένζυμα που εμπλέκονται (εξηγείστε πως) στη δημιουργία ROS/Οξειδωτικού στρες.

κος Παπαπετρόπουλος
1. Αναφέρατε τουλάχιστον 2 ομοιότητες και 2 διαφορές των αντινοηματικών ολιγονουκλεοτιδών και των siRNA.

2. Μια πάθηση προκαλείται από υπερβολική ενεργοποίηση των υποδοχέων των αλατοκορτικοειδών. Προτείνετε όσους περισσότερους τρόπους μπορείτε για να
εξουδετερώσετε τη λειτουργία τους που θα είχε νόημα να δοκιμαστούν πειραματικά. Ενδεικτικά σας αναφέρω ότι θα μπορούσατε να προτείνετε 7-8 τρόπους


Ανώνυμος είπε...

Η προπρανολόλη είναι συναγωνιστικός ανταγωνιστής του β-αδρενεργικού υποδοχέα. (έδινε δομή)

Ερώτηση 1:
Από που παίρνει αυτή την ονομασία αυτός ο υποδοχέας και σε ποια υπεροικογένεια και οικογένεια ανήκει. ( Η απάντηση να είναι 3 μικρές προτάσεις)
Ερώτηση 2:
Πως θα επηρεάσει η παρουσία της προπρανολόλη την καμπύλη συγκέντρωσης-απόκρισης της αδρεναλίνης σε ανάλογο ιστό; (Σχεδιάστε το αντίστοιχο γράφημα και εξηγήστε κάθε καμπύλη σε αυτό). Τι εκφράζει η σταθερά pA2=8.3 της προπρανολόλης;
Ερώτηση 3:
Τι πιθανές μοριακές αλληλεπιδράσεις μπορεί να έχει με την περιοχή πρόσδεσης του υποδοχέα της και ποια αμινοξέα θα μπορούσαν να εμπλέκονται σε αυτές; (Μπορείτε να απαντήσετε σχεδιάζοντας γύρω από το μόριο τους πιθανούς δεσμούς και τα αμινοξέα του ενεργού κέντρου-μην ξεχάσετε να αναφέρετε και το είδος του δεσμού που δημιουργείται).
Ερώτηση 4:
Ποιοι προσδέτες ονομάζονται αντίστροφοι αγωνιστές και πως εξηγείται η δράση τους με το πρότυπο των δύο-καταστάσεων του υποδοχέα. (Απαντήστε σε μία μεγάλη παράγραφο καθώς και με ένα γράφημα και ένα σχήμα).
Ερώτηση 5:
Σε ποια υπεροικογένεια ανήκει ο υποδοχέας της ινσουλίνης; Ποια είναι η βασική δομή αυτής της υπεροικογένειας υποδοχέων και πως γίνεται η μεταγωγή του μηνύματος (Απαντήστε σε μία παράγραφο και αν θέλετε με ένα σχήμα).
Ερώτηση 6:
Πως μπορεί το ένζυμο ΜΑΟ (μονοαμινοξειδάση) να συμβάλει σε οξειδωτικό στρες και με ποιο σύνδρομο σχετίζεται; (Εξηγήστε σε μία μικρή παράγραφο και με μία αντίδραση)
Ερώτηση 7:
Το αντικαρκινικό φάρμακο αδριαμυκίνη(έδινε δομή) έχει 3 μοριακούς μηχανισμούς δράσης. Αναφέρετε 2 από αυτούς (Απαντήστε σε μία μικρή παράγραφο).

Ανώνυμος είπε...

Κουρουνάκη

Ερώτηση 1:
Σε ποια υπεροικογένεια/οικογένεια ανήκουν οι παρακάτω υποδοχείς;
πχ Α1 αδενοσίνης--> GPCR οικογ. Α

Ερυθροποιητίνης--> α)________
GABA-A --> β)________
Kαλσιτονίνης --> γ)________
Ντοπαμίνης --> δ)________
NMDA--> ε)________
Ισταμίνης Η2-->ζ) ________
α1 αδρενεργικός--> η)________
PPARγ--> θ)________
Μεταβοτροπικός γλουταμινικού οξέος--> ι) ________

Ερώτηση 2:
Αντιστοιχήστε το αντίστοιχο φάρμακο με το μοριακό του στόχο/μηχανισμό δράσης του.
1.σισπλατίνη, 2.Ταξόλη, 3. Βρυοστατίνη, 4. Χλωροκίνη, 5.ΑΖΤ, 6. Μπλεομυκίνη, 7. Κετοξουμάμπη, 8. Αδριαμυκίνη 9. Αμφοτερικίνη Β, 10. Φομιβερσένη, 11. Ταμοξιφαίνη.

Α. Σχηματισμός ενεργών μορφών οξυγόνου.
Β.Ανάστροφη μεταγραφάση.
Γ. Κόβει αλυσίδες του DNA.
Δ. Αντινοηματικό ολιγονουκλεοτίδιο.
Ε. Ανταφωνιστής ενδοκυτταρικού υποδοχέα.
Ζ. Σύνδεση με (γουανίνη του) DNA.
H. Ένωση ενδοπαρεμβολής σε βάσεις DNA.
Θ. Μονοκλωνικό Αντίσωμα έναντι 1ΤΜ υποδοχέα.
Ι. Παρεμβάλεται/διαταράσει τη λιπιδική μεμβράνη.
Κ. Αναστέλλει τιν πολυμερισμό της τουμπουλίνης.
Λ. Αναστέλλει την PKC.

Ερώτηση 3:
Σε ποια υπεροικογένεια ανήκει ο υποδοχέας της θρομβίνης . Περιγράψτε συνοπτικά τη διαδικασία ενεργοποίησης/απενεργοποιήσης του υποδοχέα αυτού (απαντήστε με μία παράγραφο και αν θέλετε με ένα σχήμα)

Ερώτηση 4:
Μέσω ποιων 2 υπεροικογενειών υποδοχέων μπορεί να αυξηθεί ενδοκυτταρικά το Ca+2. Περιγράψτε συνοπτικά τη διαδικασία/ες που θα οδηγήσουν σε αυτό (απαντήστε σε μία μικρή παράγραφο)

Ερώτηση 5:
Πως θα επηρεάσει την καμπύλη συγκέντρωσης-απόκρισης ενός αγωνιστή (Α) η προσθήκη μιας συγκεκριμένης δόσης(συγκέντρωσης) ενός ανταγωνιστή Β με pA2=8 ή της ίδιας συγκέντρωσης ενός ανταγωνιστή Γ με pA2=9; Απαντήστε με ένα γράφημα στο οποίο θα σχηματίσετε και τις 3 αντίστοιχες καμπύλες, δηλ. την καμπύλη με Α (μόνο αγωνιστής), την καμπύλη Α+Β, και την καμπύλη Α+Γ. Μην ξεχάσετε να επεξηγήσετε τη τοποθέτηση και τη μορφή κάθε καμπύλης στο γράφημα σας.

Ερώτηση 6:
Πως μπορεί η δράση του ενζύμου ξανθινοξειδάση να σχηματίσει ρίζα ανιόντος υπεροξειδίου (Ο2΄)(γράψτε την αντίστοιχη αντίδραση) και ποιο ένζυμο (ή ένζυμα ) μπορεί να καταστρέψει την ενεργή μορφή οξυγόνου (γράψτε την αντίστοιχη αντίδραση που καταλύεται από το/τα ένζυμο/α αυτό/α)

Ανώνυμος είπε...

1.Πότε ένας συναρμοτής χαρακτηρίζεται ως αγωνιστής, ανταγωνιστής, μερικός ή αντίστροφος αγωνιστής; Ποια η διαφορά τους στις καμπύλες συγκέντρωσης (συναρμοτή)- απόκρισης (ή συγκέντρωσης-επιπέδου ενεργοποιήσης του υποδοχέα)

2.Αναφέρετε α) τον αντίστοιχο μοριακό στόχο των παρακάτω φαρμάκων και β) τον μηχανισμό δράσης τους επ'αυτού.
Π.χ Μετροπρολόλη α) β1-αδρενεργικός υποδοχέας β) ανταγωνιστής.
Σισπλατίνη α) DNA β) συνδέεται ομοιοπολικά με γουνίνη.
1. Κολχικίνη
2.Νεοστιγμίνη
3.Διαζεπάμη
4.Θεοφυλλίνη
5. Ερυθροποιητίνη
6. Αλλοπεριδόλη
7. Κλοφιβράτη
8. LSD
9. Ταμοξιφαίνη
10. Αμφοτερικίνη Β
11. Αδριαμυκίνη

3. Σε ποια υπεροικογένεια/οικογένεια ανήκουν οι παρακάτω υποδοχείς:
πχ Α1 αδενοσίνης--> GPCR οικογ. νικοτινικός --> 4ΤΜ δίαυλος ιόντων.
Ινσουλίνης-->_____________
GABAb-->_____________
Καλσιτονίνης -->_____________
Θρομβίνης -->_____________
Μεταβοτροπικός γλουταμινικού οξέος -->_____________
ΑΜΡΑ-->_____________
Σεροτονίνης 5ΗΤ2-->_____________
β1-αδρενεργικός-->_____________
GABAa-->_____________

4.Τι επιπτώσεις έχει η φωσφορυλίωση ενός υποδοχέα GPCR, πού (σε ποιο τμήμα του) και πότε θα μπορούσε να συμβεί;

5. Πως μπορεί η δράση συγκεκριμένης ισομορφής (ποια) του ενζύμου CYP450) (κυτόχρωμα P450) να συμβάλει σε οξειδωτικό στρες και με ποια τοξικότητα θα μπορούσε να σχετίζεται;


Παράγοντες που χρησιμοποιούνται στη ρευματοειδή αρθρίτιδα (κάπως έτσι)

Ανώνυμος είπε...

1) Ποιος είναι ο φυσιολογικός ρόλος των πρωτεινών-μεταφορέων στο κύτταρο; Πως/γιατί μπορούν αποτελέσουν στόχο φαρμάκων; Δώστε και ένα παράδειγμα.

2) Ποιος είναι ο μοριακός στόχος της ινδομεθακίνης και πως δρά;

2α) Ποιες πιθανές (δεσμικές) αλληλεπιδράσεις μπορεί να έχει με την περιοχή πρόσδεσης της (έδινε δομή ινδομεθακίνης) και ποια αμινοξέα θα μπορούσαν να εμπλέκονται σε αυτές.

2β) Μπορεί κάποια από αυτές τις αλληλεπιδράσεις να είναι ένας "ηλεκτροστατικά ενισχυμένος δεσμός υδρογόνου";
2γ) Η ένωση αυτή έχει εναντιομερή; θα περιμένατε να επηρεάσει η στερεοχημεία τη δράση της;
3) Πότε και πως ένας αγωνιστής μπορεί να απενεργοποιήσει έναν υποδοχέα; Με ποιο φαινόμενο σχετίζεται;

Ερώτηση 1
Αναφέρετε τον αντίστοιχο μοριακό στόχο καθώς και τον μηχανισμό δράσης (επ'αυτού) των παρακάτω φαρμάκων βιοδραστικών μορίων (π.χ φθορεξιτίνη-(αντικαταθληπτικό),Μοριακός στόχος: πρωτεΐνη μεταφορέα της σεροτονίνης SERT.Μηχανισμός δράσης: Αντιστρεπτός αναστολέας).
1.Βινκριστίνη (αντικαρκινικό)
2.LSD (ψυχοτρόπο)
3.Kαφεΐνη (αναληπτικό)
4.Σισπλατίνη (αντικαρκινικό)

Ερώτηση 2
Για τα παρακάτω φάρμακα/προσδέτες αναφέρετε τον αντίστοιχο υποδοχέα στόχο, την οικογένεια/υπεροικογένεια στην οποία ανήκει, μικρή περιγραφή της δομής του (υποδοχέα) και (πολύ συνοπτικά) του πως μεταφέρει το μύνημα (μεταγωγή μηνύματος) καθώς και πως δρα επ'αυτού (αν είναι ανταγωνιστής, αγωνιστής κλπ) Η απάντηση για το καθένα από αυτά τα φάρμακα δεν θα πρέπει να υπερβαίνει την μία παράγραφο (αν ανήκει σε ίδια οικογένεια με κάποια που έχετε ήδη αναφέρει,δεν χρειάζεται να περιγράψετε πάλι την δομή και μετάδοση του μηνύματος).
5. Κλοφιβράτη (αντιυπερλιπιδαιμικό)
6. Ινσουλίνη (διαβήτης)
7. Διαζεπάμη (αγχολυτικό-ηρεμιστικό)
8. Καλσιτονίνη (οστεοπόρωση)

Ερώτηση 3
9. Ποια είναι η θεωρία της δραστηριότητας εξ ιδιοσυστασίας (constitutive activity) των υποδοχέων και πως εμπλέκεται στη δράση των αντίστροφων αγωνιστών. Τι επιπτώσεις έχει η θεωρία αυτή στην έννοια της αποτελεσματικότητας ενός προσδέτη (αγωνιστή, μερικού αγωνιστή, ανταγωνιστή, αντίστροφου αγωνιστή);

Ερώτηση 4
Αναφέρετε:
10. Μία ενεργή μορφή οξυγόνου και μία αντίδραση σχηματισμού της.
11. Μία παθολογική κατάσταση στην οποία εμπλέκεται το οξειδωτικό στρες
12. Έναν ενζυμικό και ένα μη ενζυμικό αντιοξειδωτικό παράγοντα.

Ανώνυμος είπε...

Ερώτηση 1
Σχεδιάστε σε γράφημα τις παρακάτω καμπύλες αλληλεπίδρασης προσδέτη με υποδοχέα και εξηγήστε:
α) συγκέντρωσης-κατάληψης αγωνιστή και μερικού αγωνιστή με την ίδια Κd.
β) συγκέντρωσης- απόκρισης αγωνιστή και μερικού αγωνιστή με την ίδια Kd.
γ) συγκέντρωσης-απόκρισης αγωνιστή και μερικού αγωνιστή παρουσία συγκεκριμένης συγκέντρωσης συναγωνιστικού ανταγωνιστή (μην κάνετε νέο γράφημα αλλά προσθέστε τις 2 νέες καμπύλες στο γράφημα β)
(Μην ξεχάσετε να επεξηγήσετε τους άξονες του γραφήματος καθώς και τη μορφή και τοποθέτηση κάθε καμπύλης στο γράφημά σας).

Ερώτηση 2
Αναφέρετε τον αντίστοιχο μοριακό στόχο (και τον μηχανισμό δράσης επ'αυτού) των παρακάτω φαρμάκων (π.χ AZT: αναστέλλει το ένζυμο ανάστροφη μεταγραφάση)
1.Φθορεξιτίνη (αντικαταθληπτικό)
2.Ταξόλη (αντικαρκινικό)
3.Διαζεπάμη (αγχολυτικό-ηρεμιστικό)
4.Πιρακετάμη (νοοτρόπο)
5.Σιλδεναφίλη (Viagra)
6.Αλλοπεριδόλη (αντιψυχωσικό)
7.Τρογλιταζόνη (αντιδιαβητικό)
8.Ακυκλοβίρη (αντιιικό)
9.Ταμοξιφαίνη (αντικαρκινικό)
10.Σισπλατίνη (αντικαρκινικό)
11.Αδριαμυκίνη (αντικαρκινικό)

Ερώτηση 3:
Πόσους υποτύπους των παρακάτω υποδοχέων γνωρίζετε και σε ποια υπεροικογένεια/οικογένεια ανήκουν; (π.χ Σεροτονεργικός: 7 υπότυποι, 5ΗΤ1-7, όλοι είναι GPCR εκτός από τον 5HT3 που είναι 4TM δίαυλος ιόντων).
1. Ντοπαμίνης.
2. Νικοτινικός.
3. GABA
4.Γλουταμινικού οξέος
5. PPAR
6. Αδρενεργικός

Ερώτηση 4
Σε ποια υπεροικογένεια υποδοχέων η φωσφορυλίωση (του υποδοχέα) οδηγεί σε ενεργοποίηση και σε ποια οδηγεί σε απενεργοποίηση; (Εξηγήστε συνοπτικά σε 1-2 παραγράφους)

Ερώτηση 5
Ποιους ενδογενείς αμυντικούς μηχανισμούς γνωρίζετε (ενζυμικούς και μη) για την αντιμετώπιση ενεργών μορφών οξυγόνου (Αναπτύξτε την απάντηση σε 1-2 παραγράφους και με 2-3 αντίστοιχες αντιδράσεις που καταλύουν).